Az ügynök, aki jelentést írt róla, felismerte: esélytelen, hogy együttműködésre bírják, mert Meszlényi Zoltán olyan ember, akinek nem kenyere a megalkuvás. 1950 nyarán Esztergomban letartóztatták, majd Kistarcsán tartották fogva. Éjjel-nappal, télen-nyáron nyitva kellett tartania cellája ablakát, őrei szadista módon bántalmazták, gyakran rúgták és bottal ütötték. Letartóztatásáról nem jelent meg nyilvános híradás. Sok szenvedés után 1951. március 4-én meghalt. Nem véletlen baleset volt a halála, hanem a hitért, Krisztus Egyházáért vállalt tanúságtétel. Haláláról sokáig hallgattak, a nyilvánosság kizárásával temették el. 2004-ben Erő Péter bíboros indította el a boldoggáavatási eljárását. XVI: Benedek pápa 2009. Boldog meszlényi zoltán templom 18. július 3-án hagyta jóvá a dokumentumot, amely Meszlényi Zoltán püspök vértanút kanonizálja a boldogok sorában, és még abban az évben október 31-én boldoggá avatták az esztergomi bazilikában. Boldog Meszlényi Zoltán könyörögj érettünk! Vissza a címlapra: Budapest Újpalotai Római Katolikus Templom
Erdő Péter rövid szertartás keretében megszentelte a harangokat, majd mindhárom a helyére került. Musits Antal plébános korábban a Magyar Kurír nak elmondta, hogy a budapesti XI. kerülethez tartozó Szent Adalbert Plébánia területén már 1928-ban felvetődött az önálló templom igénye, ám a közösség mindeddig csak egy lakóházban kialakított kápolnában gyakorolhatta hitét. Újbuda képviselő-testülete 2001-ben kötött előszerződést a XI. kerület Etele út 3. szám alatt található telekre, amelyet az önkormányzat templomépítés és plébániaközpont kialakítása céljára szándékozott átadni a helyi egyházközségnek, a Budapest-Lágymányosi Szent Adalbert Plébániának. A kerületi szabályozási terv elkészülte után a testület a 2008. Boldog Meszlényi Zoltán emléknapja. június 19-i rendes nyilvános ülésén harminchárom igen szavazattal, két ellenszavazattal és három tartózkodás mellett döntött a 2743 négyzetméteres telek kilencvenkilenc évre szóló térítésmentes használatba adásáról. Az Etele út–Peztvál József utca sarkán álló területen tavaly, Szent Adalbert ünnepén, április 23-án Erdő Péter bíboros helyezte el az épület alapkövét Hoffmann Tamás, Újbuda polgármesterének jelenlétében.
Mindig úgy élt a papok emlékezetében, mint vértanú püspök. Élnek még köztünk azok a paptestvérek, akik jelen voltak - nagyon kevesen lehettek ott -, amikor 1966-ban a rabtemetőben exhumálták, azonosították és elhozták az esztergomi bazilika kriptájába. Azon a temetésen fehér volt a koporsó. Mártíriumának emléke mindig bennünk élt. Az utóbbi időben már lehetett beszélni, írni, hallani róla. A levéltári kutatások során kiderült, hogy rendkívül gazdag életművet hagyott hátra; nem csupán a vértanúhalált vállaló hősiessége, hanem egész lelki és szellemi gazdagsága ismertté vált. Boldog Meszlényi Zoltán templom felszenetelése -2014. Ebben a folyamatban nagy bátorítás, hogy a Szentatya aláírta a dekrétumot. A II. világháború utáni egyházüldözések vértanúi közül Magyarországon ő az első, aki eljut az oltár magaslatára. Sok vértanúsági ügy van folyamatban, számos olyan szent pap, szerzetes és világi volt, aki méltó a tiszteletre, de az ő ügye olyan kristálytiszta volt, hogy az egyház őt iktatja a leghamarabb a boldogok sorába. Hosszú sornak áll az élén: Brenner János ügye ugyancsak Rómában van és olyanoké is, akik a szó szoros értelmében talán nem voltak vértanúk, de a szenvedés és a következetes tanúságtétel példáját adták az egyháznak.
1917-től Csernoch János bíboros hercegprímás megbízásából a Prímási Palotában dolgozott. 1931-ben lett a főkáptalan tagja, nógrádi és honti főesperes, majd a káptalan helynöke. XI. Piusz pápa kinevezése nyomán, 1937. október 28-án Serédi Jusztinián bíboros hercegprímás, Breyer István győri megyéspüspök és Kriston Endre püspök Sinope címzetes püspökévé szentelte. Ettől a pillanattól a mindenkori hercegprímás, esztergomi érsek segédpüspöke volt. Amikor az állambiztonsági szervek Mindszenty József bíboros hercegprímást 1948. december 26-án letartóztatták, majd koncepciós perben elítélték, a kinevezett érseki helynököt, Drahos Jánost pedig megölték, ő lett az esztergomi érseki helynök. Helynöki székfoglalójában szinte ígéretet tesz: "Krisztus hű pásztoraként a hitet és Egyházunk iránti hűséget nem tagadom soha! Isten engem úgy segéljen! Boldog meszlenyi zoltán templom . " 1950. július 4-én éjjel az esztergomi Prímási Palotában ismét megjelentek az állambiztonsági szervek emberei, és elhurcolták Meszlényi Zoltánt. A kistarcsai internáló táborba került, ahol elkülönítve őrizték és kínozták.