Azt lehet elmondani, hogy a jogkövetési vizsgálat a jelenben zajlik, a hatóság célja, hogy még az időszak lezárása előtt felhívja az adózók figyelmét az esetleges szabálytalanságokra. Időtartama maximum 30 nap lehet. Az adóellenőrzési eljárás keretében az adóhivatal az adó-megállapítási és bevallási kötelezettséget utólagosan ellenőrzi. Adóellenőrzési eljárás lefolytatására sor kerülhet jogkövetési eljárást követően, amennyiben a vizsgálat valamilyen súlyos szabálytalanságot tár fel. Ugyanakkor lefolytatható akkor is, ha az adóhatóságnak más forrásból áll rendelkezésére valamilyen "terhelő" információ: az értékesítési láncban szereplő partner ellenőrzése során feltárt szabálytalanság, a tevékenységi kört minősíti az adóhatóság kockázatosnak, külföldi hatóságok megkeresése alapján valószínűsíthető a szabálytalanság. Adóellenőrzési eljárás időtartama maximum 90 nap, a legnagyobb adóteljesítménnyel rendelkező adózók esetében 120 nap. A két eljárás típus között lényeges különbség, hogy ellenőrzéssel lezárt időszakot csak az adóellenőrzés teremt.
Sokan kérdezik azonban ennek kapcsán, hogy egy önellenőrzés az nem egyenlő egy beismeréssel? Nézzük erre egy példát. Számla befogadó pozícióban lévő adózó partnerénél jogkövetési vizsgálatot kezd az adóhatóság, amely során megállapítja, hogy a gazdasági esemény nem történt meg, vagy nem a felek között ment végbe, így az adólevonási jog nem gyakorolható, a számla fiktív. A fiktív számlákhoz kapcsolódó joggyakorlatról korábbi cikkünkben írtunk részletesen () Ebben az esetben a számla befogadó adóalany dönthet úgy, hogy az adóellenőrzés megindulása előtt az érintett számlákat kiveszi a könyveléséből, azokat önellenőrzéssel módosítja, vagyis az ezekhez kapcsolódó Áfa adólevonási jogot nem érvényesíti, illetve természetesen a számla költség részét is helyesbíti Tao bevallásában. Az önellenőrzés az adózó szuverén döntése, ebbe a hatóság nem szólhat bele. Önellenőrzésre mindemellett nem csak azon okból kerülhet sor, hogy a számla befogadó adózó tudatosan adókijátszásban vett részt, és ezt elismeri, hanem egyéb okból is.
Az Online Számla rendszer adatait a NAV az áfakiutalás előtti vizsgálatoktól kezdve, a követelésfoglalásokon át a csalárd adózók ellenőrzéséig számos területen hasznosítja. Sőt a rendszer a tisztességes adózóknak is segít észlelni az apróbb könyvelési, bevallási hibákat, így azokat saját maguk is javíthatják, és partnereik adatszolgáltatásait is kontrollálhatják. 40/A. §-a szerinti fizetési kötelezettsége - Népegészségügyi termékadó befizetése - A BEV_J01, illetve a BEV_J02 számú bevalláshoz kapcsolódó adók befizetése - Villamos energia, földgáz, szén energiatermékek jövedéki adó befizetése Adatszolgáltatás - A bérfőzési naplókról adatszolgáltatás Június 25. - Jövedéki adó előlege Június 30. 2050 Bevallás a környezetterhelési díjelőlegről, illetve az éves díjkötelezettségről - Adatszolgáltatás a FATCA szabályozás hatálya alá tartozó Jelentendő Számlákról - Kiskereskedelmi adóelőleg - Környezetterhelési díjelőleg A gyakorlat szerint az adózókat jogkövetési vizsgálat keretében kezdik ellenőrizni és ennek eredménye alapján döntenek arról, hogy elrendelik-e az ellenőrzéssel lezárt időszakot keletkeztető adóellenőrzést.