Máig nem tisztázott, hogy Katalinnak milyen szerepe volt az eseményekben, de a köztudatban hozzá kapcsolták a Szent Bertalan-éji mészárlást, és haláláig rettegett a hugenották bosszújától. A hatalomból kiszorult Katalin hosszú betegeskedés után, 1589. január 5-én halt meg szeretett kastélyában, a Loire menti Blois-ban. Akkor már csak két gyermeke élt, a Valois-dinasztia férfiágon kihalt. A trónt Navarrai Henrik, Franciaország első Bourbon uralkodója foglalta el, aki koronázása előtt "Párizs megér egy misét! Medici katalin francia királyné gyermekek jogai. " felkiáltással áttért a katolikus vallásra. Mivel Katalin halálakor Párizs a király ellenségeinek kezén volt, a blois-i kastélyban temették el, és csak később helyezték férje mellé, a St. Denis-székesegyházba. Medici Katalin a művészetek bőkezű mecénása volt, szépíttette többek között a chenonceau-i kastélyt, kibővíttette a Louvre-t, és ő kezdte el építtetni a Tuileriák palotáját. A legenda szerint ő honosította meg a villát evőeszközként Franciaországban, ő tette népszerűvé az udvarban a parfüm használatát.
Mindenesetre a szerelmi házasság és a felek közötti ritka szexuális vonzalom volt az oka annak, hogy Mária Teréziát – a kielégült nőt – utólag nimfománnak bélyegezték, és olyan pletykák is szárnyra kaptak, hogy felajzott lovakkal fajtalankodik, hogy végtelen szexuális éhségét csillapítsa. Erről valószínűleg szó sem volt, egyszerűen ritkaságnak számított egy nő, aki nem kötelességtudatból, hanem kedvtelésből teszi szét a lábát. Marie Antoinette: nyolc évig maradt szűz a házasságában gyorstüzelő férje mellett, két gyereke talán mástól van A legkisebb lánya, Mária Antónia, vagyis Marie Antoinette már nem volt ilyen szerencsés. Mária Terézia a békét jobbára megfelelő politikai frigyek útján látta biztosítottnak, ezért az akkor 14 éves lányt Bourbon Lajos Ágostnak, a francia trón várományosának adta nőül. Marie Antoinette és a későbbi XVI. Medici Katalin, a francia királyné - Cultura.hu. Lajos között nem volt fizikai vonzalom, gyakorlatilag éretlenek is voltak még a szexhez, mikor összeházasodtak. Nyolc évig nem hálták el frigyüket az osztrák és a francia udvar nagy felháborodására és nem kis aggodalmára.
Július 10-én pedig a már 36 esztendős Margit hercegnő nőül ment Savoya és Piemont uralkodójához, a nála öt évvel fiatalabb Savoyai Emánuel Filibert herceghez, II. Fülöp spanyol király szövetségeséhez, a Német-római Birodalom hűbéreséhez. (A két esküvőt tragikus esemény árnyékolta be. Június 30-án, a békekötésnek és Erzsébet esküvőjének megünneplésére rendezett lovagi tornán II. Henrik francia királyt tragikus baleset érte, ennek következtében hosszú szenvedés után július 10-én, Margit esküvőjének napján meghalt). Három évvel később megszületett egyetlen gyermekük: Károly Emánuel (1562–1630), 1580-tól 50 éven át I. Károly Emánuel néven Savoya uralkodó hercege, aki 1585-ben saját unokahúgát, Katalin Michéla spanyol infánsnőt (1567–1597), II. Fülöp spanyol király és Valois Erzsébet spanyol királyné leányát vette feleségül. A sors furcsa fintora, hogy a Valois Margit francia hercegnő egyetlen fia később egy olyan spanyol infánsnőt vett feleségül, akinek apját, II. Medici katalin francia királyné gyermekek 2. Fülöp királyt annak idején éppen Margit vőlegényéül szántak a gyermekek édesapái.