A háborúhoz közeledve egyre inkább fogyott körülötte a levegő: 1939-ben egy ausztriai forgatás során a Gestapo néhány óra hosszára letartóztatta feleségét, és származása miatt kiutasította az országból. Magyarország 1944. Jávor pál betegsege. március 19-ei német megszállását követően feleségével sikerült megmenekülnie a Gestapo letartóztatásától azzal, hogy vidékre utaztak. A német titkosrendőrség letartóztatásai ellen tiltakozva azonban Budapestre utazott, és Nemzeti Színházbeli öltözőjében összetörte Kiss Ferencnek, a Színészkamara elnökének gipszszobrát. Tettéért nemcsak fegyelmit kapott, de azonnali hatállyal eltiltották a színészettől, filmjeit betiltották. Az októberi nyilas hatalomátvételt követően a németek letartóztatták, a budai Gestapo-főhadiszálláson kihallgatták, majd Sopronkőhidára hurcolták, végül pedig a németországi Pfarrkirchenbe került, ahonnan kilenc hónapnyi megpróbáltatás után, csak 1945 nyarán térhetett haza. Kádár Gyula verzérkari ezredes, aki Jávorral együtt szintén a Sopronkőhidára hurcolt rabok között foglalt helyet a Budapestről induló autóbuszon, így emlékezett vissza könyvében: "Jávor Pál színészre emlékszem.
Lendvay utca 13., Ódry Árpád Színészotthon. Jávor Pál színművész köszönti a karácsonyi ünnepségen az idős színészeket. (fortepan/FSZEK Budapest Gyűjtemény / Sándor György) "Meszlényi" ügynök egyik jelentéséből azt is megtudhatjuk, hogy környezete – elsősorban Pethes Sándor és Uray Tivadar színészek – miként vázolták fel neki az új rendszerben való boldogulás lehetőségeit. "Jávor Pál ügyével kapcsolatban is sokkal csendesebb a hangulat, mint azt képzelni lehet. Általában tudomásul vették, hogy hazajött. Arról már több szó esik, hogy Simon Zsuzsával, a Petőfi Színház igazgatójával majd egymás nyakába estek… Jávort az állomáson régi barátai várták – Uray Tivadar, Pethes és társaik. Hazatérte után is elsősorban ezekkel tárgyalt. Elmondták, hogy Uray így foglalta össze Jávornak adott tanácsát: »Te sem vagy kommunista, én sem... Te is szereted, ha tapsolnak és biztosítják nyugodt életed, én is. Nézd, milyen most Jávor Pál sírja! Ma van a népszerű színész halálának 57. évfordulója. - Blikk Rúzs. S ezt megkaptam, pedig nem voltam kommunista. Te is megkapod, de sarokházat nem fogsz venni a Körúton.