A baptista teológiai képzés hazánkban a XIX. század utolsó évtizedében indult. A Hajdúságban rövid teológiai kurzusokat szervezett Balogh Lajos, aki Hamburgban, az ottani szemináriumban szerzett diplomát, 1893-ban. Az első országos szintű, 6 hónapos, tanfolyam jellegű magyarországi "prédikátoriskolát" 1899 szeptemberében nyitották meg Budapesten. A rendszeres teológiai oktatás 1906-ban kezdődött, a Baptista Teológiai Szeminárium megalapításával, ami jogelődje a Baptista Teológiai Akadémiának. Az intézmény alapító igazgatója Udvarnoki András, Balogh Lajos hamburgi osztálytársa. Az oktatás helyszíne többször változott. 1926 őszétől a budai rakparton, az Országházzal szemben levő épület lett a szeminárium otthona. Az épület megvásárlását az amerikai baptisták Déli Szövetségének közvetítésével Varina Brown asszony magánadománya tette lehetővé. Ekkorra az intézet Kelet-Európa legjelentősebb baptista szemináriumává fejlődött. Az épületet 1944 decemberében lebombázták. A háború után különböző bérleményekben folyt az oktatás.
1949-ben külföldi segítséggel az intézmény mai helyére, a Benczúr utcába költözött. Sajnos az épületet a kommunista állam 1950 nyarán kisajátította a Koreai Népi Demokratikus Köztársaság nagykövetsége részére. Viszontagságos évek után 1959-től a Bimbó úton működött a főiskola. Az állam ebben az időszakban korlátozta a hallgatók létszámát. Évenként 4 hallgatót lehetett felvenni. A rendszerváltással a főiskola előtt is lehetőség nyílt az újbóli kibontakozásra. Az 1992-ben, romos állapotban visszakapott Benczúr utcai ingatlan felújítása és bővítése után az oktatás régi-új helyén folytatódhat 1995 szeptemberétől. 1998-tól folyamatosan bővül a főiskola képzési kínálata. Mára két alapszakon (teológia BA és kántor BA) és 2010-től mesterszakon is (teológia MA) folyik oktatás. A kántor szak képzési irányaihoz kapcsolódóan 2008-tól két szakirányú továbbképzési szakon (gospel zenész és gyülekezeti egyházzenész) van lehetőség az ismeretszerzésre. 2012-ben három szakirányú továbbképzési szak (baptista hitoktató, biblikus vallásismeret, illetve keresztyén hospice lelkigondozó) indítására kapott engedélyt az intézmény.